Temporada 3

01. The Innocents (1)
Ocho meses después del incidente del virus Marburg y la muerte de Catherine Black. Frank Black y su hija Jordan regresan a Washington DC con la intención de volver al FBI y replantear su vida, lejos del grupo Millennium. Mientras tanto, un incidente aéreo revela un peligroso misterio que implica a un grupo de mujeres con similitudes idénticas y el propio Grupo Millennium. Frank Black junto con su nuevos compañeros, la agente Emma Hollis y el agente Barry Baldwin investigan el espeluznante misterio.

02. Exegesis (2)
Frank Black y su nueva compañera, Emma Hollis, siguen investigando el caso de las mujeres idénticas que sistemáticamente van siendo eliminadas. Durante la investigación, los agentes descubren un proyecto de la Guerra Fría. ¿Es el Grupo Millennium el responsable de las muertes en serie?

03. Teotwawki
Después de un fatal tiroteo en un Instituto. Frank Black, Emma Hollis y Barry Baldwin se dirigen a Seattle donde investigan los factores de supervivencia de un grupo de personas aterrorizados por el fenómeno Y2K.

04. Closure
Un peligroso y desquiciado asesino secuestra a la agente Emma Hollis quien tendrá una revelación importante sobre la muerte de su hermana.

05. ...Thirteen Years Later
Frank Black asesora en un film basado en un antiguo caso. Ahora ha aparecido un imitador que su modus operandi se basa en el guión del film. En este episodio participa el grupo musical "Kiss".

06. Skull and Bones
Emma Hollis y Barry Baldwin investigan los restos de cadáveres encontrados en los yacimientos de una construcción. Ellos descubren que el Grupo Millennium está detrás de los sucesos que intentan mantener en secreto. ¿Cómo afectará a Frank Black, mientras se encuentra sumergido en otro caso?. Un episodio que revela muchas cosas.

07. Through a Glass, Darkly
Cuando un grupo de niños desaparecen de un pueblo, las autoridades piensan en la existencia de un grupo de pederastia. Los hechos conectan con un caso similar de hace 20 años.

08. Human Essence
La agente Emma Hollis viaja hasta Vancouver para encontrar a su hermanastra quien es víctima de las drogas, encontrándose que dicho mundo es mucho más peligroso y monstruoso de lo que imaginaba.

09. Omerta
Frank Black y su hija se toman unas vacaciones y viajan hasta un pequeño pueblo en Vermont donde la mafia ha convertido en territorio de sus matanzas.

10. Borrowed Time
Frank Black y Emma Hollis investigan unas misteriosas muertas que conectan con Jordan, la hija de Frank. El temor de la perdida de su hija aumenta cuando ella se pone enferma.

11. Collateral Damage
Un veterano de la Guerra del Golfo secuestra a una de las hijas de Peter Watts, miembro del Grupo Millennium, quien intenta obligarle a que revela la verdad del grupo. Éste tendrá que tomar una complicada decisión: lealtad al grupo o a su familia.

12. The Sound of Snow
Frank Black viaja hasta Seattle siguiendo la pista de una misteriosa cinta que tiene grabado un ruido que parece provocar la muerte. Obsesionado por el caso, Frank compueba la cinta sin descanso, iniciando un camino de ilusión que parece conducirle a la muerte.

13. Antipas
Una serie de incidentes en el estado de Wisconsin llama la atención de Frank Black quien descubre atónito que la responsable es su némesis, Lucy Butler quien se ha establecido en el seno de una poderosa familia. ¿Podrá Frank detener al base sum del mal?.

14. Matryoshka
El suicidio de un agente retirado del FBI sirve de conexión para poder descubre los orígenes del Grupo Millennium que ha sido responsable de sucesos que han cambiado la historia de la humanidad.

15. Forcing the End
Un grupo fundamentalista judío secuestra a una mujer embarazada. Ellos intentan, siguiendo las profecías, esperar la llegada del segundo mesías que establezca el nuevo orden. Emma Hollis sospecha de la implicación del Grupo Millennium cuando descubre que Peter Watts también investiga el caso.

16. Saturn Dreaming of Mercury
¿Podría Jordan Black haber despertado el poder heredado de su padre cuando unos misteriosos vecinos aparecen en la residencia?. ¿Puede Jordan ver el mal?

17. Darwin's Eye
Una joven escapó de una institución mental, ayudada por el Sheriff, ya que fue acusada por el asesinato de sus padres. ¿Fue un error o es realmente una asesina?. El FBI abre una investigación para capturar a la fugitiva liderados por Frank Black, mientras Emma debe hacer frente a una decisión sobre su padre.

18. Bardo Thodol
Emma y Frank investigan un arma biológica que conecta con un científico que tiene relaciones con el Grupo Millennium. Sus conocimientos sobre el grupo pondrán su vida en peligro por una extraña enfermedad.

19. Seven and One
Frank Black por tercera vez en su vida recibe fotos polaroid que muestran bizarras fotografías de su propio rostro. Un imitador perturba al agente Black.

20. Nostalgia
Frank Black acompaña a Emma Hollis a investigar un caso, un asesinato, donde Emma pasó parte de su infancia.

21. Via Dolorosa (1)
Frank Black se enfrenta por última vez al perverso mal que reside en Ed Cuffle quien ha sido condenado a la silla eléctrica. Tiempo después, un imitador aterroriza a Frank Black con crímenes idénticos a los efectuados por Cuffle. Barry Baldwin es el único capacitado para investigar el caso, mientras Emma Hollis es tentada por el Grupo Millennium para ser reclutada.

22. Goodbye to All That (2)
Frank Black inicia una cruzada contra el Grupo Millennium y Ed Cuffle ante la muerte de Barry Baldwin. Mientras Emma Hollis sigue sin decidir si unirse al grupo. ¿A dónde irá Frank cuando no pueda hacer frente lo que se avecina?