Temporada 2

01. Dispersos
Mientras el Comandante Adama lucha por su vida tras ser herido por el cylon Sharon, ella no comprende que está pasando. Tigh ha de tomar el papel de líder en este tiempo de crisis y su primera orden es dar un nuevo salto para evitar un ataque lo que conllevará que Galáctica se quede sola separada del resto de la flota y de la ayuda médica necesaria para salvar la vida de Adama. Mientras Lee "Apolo" y la presidenta Laura Roslin hablan sobre lo que ha pasado en sus celdas.
Mientras en Kobol Baltar y Galen Tyrol (Aaron Douglas) y el grupo tratan de protegerse y sobrevivir. Baltar ha tenido un sueño con la numero 6 donde le aseguraba que habían tenido un hijo al que pronto podría conocer.
Años luz lejos de allí, sobre la ocupada Caprica, Kara "Starbuck" y Helo deben encontrar algún modo de llevar la flecha a la flota pero Kara por mucho que Sharon asegure estar embarazada no olvida que es una cylon.
El coronel Tigh sigue recordando su vida con Adama y tratando de obtener un poco de la sabiduría que su viejo amigo le ofreció. Intenta sonsacarle información a Sharon sin lograrlo a pesar de que está a punto de matarla. Felix Gaeta (Alessandro Juliani), muy apenas tras el fallo cometido, tiene una idea para reunirse con la flota conectando en red los ordenadores, muchos no apoyan dicha idea ya que Adama no la vería con buenos ojos pero finalmente el coronel Tigh decide llevarla a cabo ya que es la única oportunidad que tienen.

02. Valle de oscuridad
Galáctica ha tenido éxito reuniéndose con la flota, ha pagado un precio terrible: un virus informático cylon ha penetrado sus ordenadores, privando a la nave de la energía principal y de las auxiliares, funcionando únicamente la energía de emergencia. Pero los cylon ya se encuentran a bordo y son vistos primeramente en estribor. El capitán Lee Adama y su equipo que regresaban a la nave tras una misión son los primeros que se enfrentan a ellos. Ellos son los primeros en llegar a donde está la presidenta sacándola de la cárcel y enviándola a la enfermería ya que los cylon parecen querer ir al almacén de la nave y la enfermería está diseñada para servir de refugio en caso de problemas.
Mientras Lee y su pequeño equipo intentan frenar y acabar con el pelotón de abordaje cylon que parece querer matar a todo humano que encuentra. Pero primero han de conseguir explosivos ya que parece lo único que acaba con ellos.
Mientras tanto, sobre Caprica que sigue ocupada por los cylon, Starbuck y Helo intentan encontrar una base aérea para localizar un raptor. Visitan la casa de Kara y allí Hero puede ver como su amiga era una apasionada de la pintura.
En Kobol, Tyrol regresa de su misión de conseguir medicamentos para Socinus (Alonso Oyarzun) al que finalmente las medicinas no podrán ayudar, mientras Baltar sueña con Adama al que muestra a su hija que el comandante ahoga.

03. Solos
Mientras Doc Cottle (Donnelly Rhodes) intenta salvar la vida del comandante Adama, el coronel Tigh comienza a comprender que es necesario algo más para ser un líder que el hecho de dar órdenes. La prensa exige respuestas y quiere saber cuando podrán contactar con sus naves y la presión puede hacer que el coronel regrese a los brazos de una vieja amiga, la botella.
En Kobol entierran a los caídos en combate mientras intentan sobrevivir en un medio totalmente hostil. El grupo busca infructuosamente un modo de salir de su situación actual, cuando descubren que los cylons han construido una potente arma antiaérea. Lee intenta montar un plan para rescatarlos de allí pero el equipo de Kobol se da cuenta que los cylon se están preparando para derribar al equipo de rescate. Varios centuriones protegen todo el conjunto por lo que son muchos cylon para poder atacarlos.
El quórum de los doce llega a bordo del Zafiro solicitando aterrizar en Galáctica y ver al coronel. Él ha de explicarles lo que ha pasado con la presidenta Roslin y porque ha sido detenida pero el quórum vota y exige la presencia de la presidencia tras una votación unánime. La mujer del coronel Saul Tigh, Ellen Tigh (Kate Vernon), acude a verla a la celda pero la presidenta no parece reconocerla y Ellen intenta utilizar esa información para librarse de ella dejándola como loca.

04. Motines
Tras imponer el coronel Tigh la ley marcial y deshacer el quórum de los 12, la decisión está teniendo un efecto devastador dentro de la nave y en toda la flota con protesta, manifestaciones y desobediencia civil. La situación se agrava desde el momento en el que la Galáctica no encuentra manera de repostar combustible y otras provisiones al Galáctica ya que otras naves se niegan a hacerlo. Mientras Adama sigue durmiendo tras salir con éxito de la operación a la que fue sometido.
El jefe Galen Tyrol (Aaron Douglas) es acusado de ser un cylon y de saber que Sharon Valerii dispararía a Adama ya que habían tenido una relación. El coronel Tigh lo interroga durante horas sin ningún tipo de derechos ya que es un cylon.
El alcohol y los malos consejos de su ambiciosa mujer Ellen hacen que el coronel Tigh tenga el juicio completamente nublado. Tigh envía tropas armadas a la nave almacén Gideon para hacerse con provisiones por la fuerza, un movimiento que acaba en el desastre cuando cuatro civiles desarmados mueren.
Mientras, la Presidenta y Lee tratan de trazar un plan para escapar dada la situación y que la flota está en peligro con tantas disidencias y divisiones siendo un blanco más fácil de los cylons. Gracias a la ayuda de muchos de los compañeros de Lee logran sacar a la presidenta de su celda pero Billy Keikeya (Paul Campbell), su ayudante, decide quedarse al no estar de acuerdo con las posibles consecuencias de esa huida.
El coronel Tigh al conocer la huida tiene la opción de derribar el raptor donde Lee y la presidenta huyen aunque el coronel no puede matar al hijo de su viejo amigo y aborta el ataque.
Mientras tanto, Baltar usa el amor de Sharon por Tyrol para intimidarla y que hable sobre los cylon que acechan la flota. Finalmente ella al creer que el jefe se muere le confiesa que en la flota hay ocho cylons.
En Caprica Helo y Kara son vigilados por un grupo que cree en un primer momento que pueden ser cylons humanos y se enfrentan a ellos. Cuando la situación se vuelve más tensa comienzan a comunicarse y Kara y Hero logran saber que el grupo está capitaneado por Anders (Michael Trucco) y Sue-Shaun (Tamara Lashley) y que se trata de los llamados “Bucaneros de Caprica”, un equipo de pirámide profesional que se encontraba escalando en la montaña durante el ataque al planeta; desde entonces huyen y se defienden. En un principio el grupo rondaba los 100 integrantes pero tras diversos ataques sólo quedan 53.

05. La granja
El comandante William Adama (Edward James Olmos) regresa al puesto de mando ya recuperado recibiendo una calurosa bienvenida de toda la tripulación. Su primer pensamiento es conocer el paradero de su hijo Lee y de la ex presidenta quienes gracias a la ayuda de Tom Zarek (Richard Hatch) parecen haberse esfumado. Adama toma la decisión de registrar cada nave de la flota por el procedimiento de cuarentena aislando cada nave del resto.
Mientras la presidenta y sus acompañantes se esconden en un almacén. Zarek le comunica que ha transmitido su mensaje al consejo de los doce pero que para apoyarla abiertamente el consejo necesita más tiempo para deliberar. Zarek también informa a Lee que su padre ha despertado y vuelve a estar al mando, pero esta noticia no es buena para ellos ya que como bien dice la presidenta Adama es un hueso duro de roer. Por eso Zarek cree que si Lee denuncia al comandante públicamente esto conmoverá a la gente ya que es su propio padre. Pero Lee finalmente no es capaz de hacerlo. Sin más opciones la presidenta Roslin decide servirse de la religión para intentar salvar a la raza humana; declara a toda la flota que ha sido elegida para guiarlos a la tierra prometida, el planeta tierra, que es la voz del profeta Pythia. Pide que todos aquellos que quieran apoyarla la sigan hasta Kobol donde han de encontrarse con el siervo de Dios ayudados por la flecha de Apolo. Para sorpresa de muchos en el Galáctica y de Roslin misma, casi un tercio de la flota la sigue a Kobol.
El jefe Galen Tyrol habla con el comandante Adama sobre lo ocurrido con la especialista Cally (Nicki Clyne) explicándole que se encontraba muy afectada por lo ocurrido en Kobol. Adama le pregunta a Tyrol si amaba a "Boomer" y él le contesta que aunque resultó ser una máquina él si llegó a amarla. Adama no comprende cómo podía ser sólo una máquina con todo lo que habían vivido en esos años. Adama decide que Cally se quede 30 días en prisión por lo que ha hecho y finalmente le comenta al jefe que está seguro de que volverá a ver a "Boomer".
Tras acostarse con Anders (Michael Trucco) en Caprica, Kara le aconseja que se internen en las montañas y se escondan pero Anders no parece estar de acuerdo. Cuando tratan de trazar un plan todo el grupo para hacerse con una nave Kara resulta herida por fuego enemigo. Más tarde despierta y un hombre le informa que se encuentra en un hospital desde la mañana del día anterior con una bala en el abdomen tras llevarla a ese lugar Anders. El hombre se presenta como Simon (Rick Worthy), su médico, y le informa que tras una difícil operación de dos horas se le ha extraído la bala por lo que debe estar tranquila y descansar. Simon informa a Kara que un fragmento de metralla perforó la aorta de Anders y murió en quirófano.
Simon tras hacerle unas pruebas a Kara le dice que podría tener un quiste en un ovario y que ha de cuidar su sistema reproductor porque es lo más valioso que tiene ya que encontrar mujeres en edad de procrear es un bien muy preciado para la resistencia; le explica que la mejor forma que tiene de servir a la raza humana es teniendo bebés que luchen contra los cylons.
Pero Anders, Helo y el grupo siguen buscando a Kara tras perderla en la retirada tras el ataque y no es hasta que Helo se encuentra de nuevo con su Sharon que se enteran de lo que ha pasado. Mientras Kara que ya tiene muchas sospechas de que algo raro pasa al tener una nueva cicatriz descubre que Simon es un cylon y lo mata. Pero intentando escaparse localiza una habitación llena de mujeres, incluida Sue-Shaun, que estaban preparadas para servir como incubadoras de bebés.

06. Hogar (1)
Tras el saldo de la Reina Astral, nave en la cual viaja la presidenta, 18.000 personas en 24 naves van tras ella uniéndose a su viaje a Kobol, lo que más puede afectar al resto que no los ha seguido es la pérdida de una nave minera que se ha unido al grupo y los daños colaterales que puedan surgir.
El jefe de seguridad de Zarek, Meier (James Remar), informa de que una nave desconocida se acerca y no establece ningún tipo de comunicación con la flota de la Reina Astral por lo que él cree que debería ser derribada pero cuando está a punto de ser derribada Kara "Starbuck" Thrace hace su aparición desde la nave pidiendo permiso para atracar. Cuando llega es recibida por todo el grupo de la presidenta y especialmente por Lee pero la cosa se deteriora cuando ve a Sharon acompañándola y sólo ante los ruegos de Kara y del teniente Helo Agathon no la mata. La presidenta ante esta situación toma cartas en el asunto y decide mediar encerrando a Sharon aunque realmente quiere matarla. Al ver lo que ocurre Helo le recuerda a Kara que les salvo la vida, pero son las palabras de Sharon asegurando que sabe donde se encuentra la tumba de Atenea lo que salva su vida.
Roslin tiene sus dudas ante la ayuda que Sharon va a prestarles, no tiene claro si lo hace por el amor que dice sentir a Helo y a su futuro hijo o simplemente los engaña, pero en las profecías se señala que un demonio inferior ayudó a la gente en tiempos de crisis. Mientras, Zarek y Meier no están de acuerdo con el plan de ir a Kobol y menos de que la presidenta haga caso a las ideas de Lee, ambos tienen sus propias ideas y creen que Lee podría ser nombrado comandante de la flota en vez de Zarek por lo que planean matar a Lee.
En Galáctica, Adama y el coronel Tigh sopesan sus pérdidas y reconstruyen la cadena del mando aéreo, que ha sido sumergida en el desorden por las deserciones de Lee y Kara. Adama selecciona al teniente George 'Catman' Birch (Ben Ayres) para que sustituya a Lee como CAG (comandante del grupo aéreo). El primer día de Birch en este puesto tiene una misión de instrucción con un equipo de pilotos que sale mal y casi provoca la muerte de una de las piloto. Más tarde en una coordinación de las naves para reabastecimiento tras cuatro horas de meteduras de pata un error provoca el choque de la nave cisterna.

07. Hogar (2)
Tras el ataque cylon y la muerte de su consejero espiritual Elosha (Lorena Gale), la presidenta Laura Roslin hace un viaje largo y difícil hacia en busca de la tumba de Atenea. La fuerte lluvia y el terreno accidentado de Kobol hacen el viaje difícil para todos excepto para una incansable Sharon.
Tom Zarek sigue teniendo problemas con Lee Adama, y su cómplice y jefe de seguridad Meier empieza a considerar el tomar medidas drásticas para limpiar el camino hacia el poder a su jefe y amigo.
Mientras tanto, a bordo de Galactica, Gaius Baltar se hace un escáner para saber si tiene algo en su cabeza que le lleva a ver a la numero seis que le ha dicho que no hay nada en su cabeza sino que él está loco.
Adama recluta al ayudante presidencial Billy Keikeya (Paul Campbell) para que se una a su búsqueda de la paz con los rebeldes. Después del descubrimiento de la tumba de Elosha en Kobol, el grupo de Galáctica sigue su búsqueda y finalmente intercepta a Roslin y su grupo. Dejando de lado viejos conflictos, Adama abre la puerta a la reconciliación pacífica para todos.
Meier, sin embargo, se interpone entre Adama y Roslin porque ve esta reconciliación como una amenaza renovada al poder legítimo de Tom Zarek, y él conspira con Sharon para asesinar a Adama, Lee y a la misma presidenta utilizando a la cylon y a su miedo a morir.
Encontrando la tumba saqueada, el equipo unificado su lucha para descubrir sus secretos con la flecha de Apolo. Antes de que ellos puedan hacerlo, Meier y Sharon llevan acabo su plan.

08. Corte final
Tras descubrir una cinta de lo que ya se conoce como “la masacre de Gideon” la opinión pública tiene conocimiento de cómo marinos de Galáctica ha disparado sobre civiles desarmados, hiriendo mortalmente a cuatro de ellos y dejando a 12 heridos. D'anna Biers (Lucy Lawless), la periodista que publica el contenido de la cinta, es recibida por la presidenta en el Colonial uno junto con el comandante Adama, allí ambos le aseguran que tendrá la posibilidad de entrevistar al personal de Galáctica y acceso ilimitado a la nave. Aunque ella es reticente la presidenta le asegura que sólo toman estas medidas para evitar que viejos conflictos vuelvan a revivir entre la desconfianza hacia los mandos y los militares.
La mujer del coronel Tigh lo hace llamar tras encontrar en sus aposentos unas pitadas amenazantes en las que se pueden leer “En la oscuridad debes caer”. Más adelante el coronel Adama envía a una delegación encabezada por el coronel a una reunión del V9 pero la nave en donde viaja sufre un sabotaje antes de su despegue al tener destrozado a martillazos uno de los conductos.
Mientras D'anna Biers recorre la nave entrevistando a las tropas Gaius Baltar, siempre aconsejado por la Numero 6, no comprende cómo no es él el centro de atención de la periodista al ser el vicepresidente. Intenta llamar la atención de la mujer para que le sirva de apoyo en sus ambiciones políticas. D'anna entrevista a varios marineros que estuvieron en el Gideon, Scott Kelso (Kevan Kase) uno de ellos le explica claramente que no estaban preparados para la misión y que toda la culpa fue del coronel Tigh. Más tarde Adama le explicará a D'anna que los implicados, incluido el coronel, no se ha librado de lo sucedido, simplemente han de vivir con ello ya que con un enemigo tan poderoso no pueden permitirse el lujo de mermar las fuerzas que les quedan.
Helo en una de sus visitas a la celda de Sharon la encuentra en muy mal estado y sangrando por lo que el doctor Cottle (Donnelly Rhodes) ha de encargarse de ella y de su bebé. D'anna ha visto a la cylon y se pregunta como es que vive en Galáctica aunque Adama le intenta explicar las consecuencias de que el resto de la flota conozca esa noticia.
Un ataque de los cylons a la flota hace que la periodista pueda ver como es la vida real en la nave.
Estrella invitada: Lucy Lawless en el papel de D'Anna Biers

09. El vuelo del Fénix
El jefe Galen Tyrol (Aaron Douglas), que aún continúa atormentado por sus recuerdos con la cylon Sharon, revisa los restos que han quedado de la nave 54289 pero está inutilizable. También ha de enfrentarse al hecho de que la especialista Cally (Nicki Clyne) ha salido de la reclusión a la que había sido sometida tras dispararle a su Sharon y muchos en la flota creen que es una heroína por cargarse a una tostadora. Toda la tensión le lleva a enfrentarse a Helo porque ambos comparten una cosa: se han enamorado de copias cylon de Sharon. Lee necesita la nave 54289 para los simulacros pero al estar inutilizada ya no sirve y el jefe Tyrol ha de salvar lo que pueda de ella para reutilizar sus partes. Pero finalmente decide hacer un caza nuevo, el "pájaro negro" al que quiere dar el nombre de Laura, en el tiempo libre una misión aparentemente imposible que genera el cinismo al principio, luego respeto y tarde o temprano un esfuerzo del equipo completo de mantenimiento para lograrlo aunque el coronel Tigh se muestre muy escéptico sobre que puedan conseguirlo.
Anastasia Dualla (Kandyse McClure) intentando revisar el estado del combustible escucha un fuerte pitido que proviene de la nave pero del que no descubren la fuente de transmisión. Felix Gaeta (Alessandro Juliani) descubre que alguien ha configurado las comunicaciones para que emita una señal, cosa que puede ser utilizada por los cylons para descubrir su posición. Dualla recibe una fuerte descarga desde su panel de control y todos se dan cuenta de la gravedad de lo que está pasando. El comandante Adama es consciente que la moral está en un punto bajo después de tanto tiempo de trabajo sin resultados y con la situación empeorando.
El doctor Cottle (Donnelly Rhodes) comunica a la presidenta que sólo le quedan semanas o meses como mucho de vida
Una vez que el virus, que casi mata a Kara y a Lee ahogándolos en la sala de tiro, es identificado por Gaius Baltar como un cylon. Acabar con él será difícil por lo que Adama decide que Hero hable con Sharon sobre ello mientras siguen experimentando picos de energía y fallos en los equipos. Ella confirma que se trata de un virus cylon que ha estudiado el sistema de Galáctica buscando sus puntos débiles para volver los sistemas contra sus propios tripulantes y que ella misma sólo es un lastre para los cylons, un error.

10. Pegasus
Una alerta de combate nivel uno de lo que parece una estación cylon salta en Galáctica cuando la presidenta se encuentra con Adama de visita. Kara y Lee se dirigen a la estación para investigar pero Gaeta (Alessandro Juliani) capta repetidores colonial por lo que Adama manda enviar un mensaje hostil de identificación al que una nave que afirma ser Pegasus, estrella de combate, responde enviando los códigos correctos de reconocimiento y la almirante Helena Cain (Michelle Forbes) se identifica como oficial al mando.
La almirante es recibida en la Galáctica con todos los honores por la tripulación junto con el coronel Jack Fisk (Graham Beckel) y el CAG de su nave el capitán Cole "Aguijón" Taylor (John Pyper-Ferguson). Cain como oficial superior toma el mando absoluto de toda la flota pero los tripulantes de la Galáctica no establecen muy buenas relaciones con sus similares en la Pegasus. El coronel Saul Tigh obtiene una interesante información de Fisk ya que algo borrachos le cuenta que su superiora asesinó delante de su tripulación a su segundo por no acatar las órdenes; aunque Tigh se lo cuenta a Adama este no le da demasiada importancia ya que o bien se trataba de una broma como Fisk quiso explicar tras contarlo o bien puede que no conozca el contexto en que ocurrieron los hechos.
Adama le explica a la almirante que tienen una prisionera cylon a bordo de la nave y ella le explica que Pegasus también tienen una y le pide a Gaius Baltar que la examine. El acude a examinarla con cuidado ya que ha asesinado a varios soldados pero se encuentra a una número seis en unas condiciones deplorables víctima de maltratos y tortura.
Cain le comenta a Adama que los encontraron al perseguir una flota cylon, que seguía a su vez a la flota; en esa flota hay una nave a la que los cylons parecen querer proteger y que ahora es el objetivo común de todos. Pero Adama comienza a tener problemas con la almirante cuando esta le informa que quiere unificar las tropas enviando a Lee al Pegasus ya que cree que su puesto de CAG es un error. Más tarde será Kara quien eche chispas a consecuencia de la forma de actuar del capitán Taylor.
El teniente Alastair Thorne (Fulvio Cecere), interrogador principal de Pegasus, intenta hacer con Sharon lo mismo que le han hecho a su cylon por lo que tanto Helo como Tyrol intenta salvarla pero tras una violenta pelea Thorne muere por casualidad. Cain ordena un consejo de guerra para ambos y son condenados a pena de muerte pero Adama no está dispuesto a ver morir a sus hombres sin siquiera poder defenderse.
Estrella invitada: Michelle Forbes en el papel de la almirante Helena Cain

11. La nave resurrección (1)
En pleno enfrentamiento entre Adama y Cain la nave invisible sin autorización que conduce Kara hace que las hostilidades frenen. El pájaro negro que ella conduce envía los datos a ambas naves de su misión de reconocimiento de los cylons. Tras establecer condición dos el comandante y la almirante te reúnen en el colonial uno para establecer una tregua que les permita dejar de lado sus conflictos personales y profesionales y dar caza a los cylons.
Cain asciende a Kara a CAG tras haber degradado a Lee pero su amiga intenta rescatarlo de esa mala situación solicitándolo para su equipo. Mientras la presidenta y Adama se reúnen para hablar de la situación, pero toda la calma de la que hace gala Laura Roslin se viene abajo cuando dice que la única solución para el conflicto es la muerte de Cain. Roslin cree firmen hete que la almirante es demasiado peligrosa y lo único que puede hacer Adama es atacarla antes de que ella lo haga y luego también se deshaga de la flota civil a pesar de que Adama deja claro que no es un asesino.
Adama charla con la especialista Cally (Nicki Clyne) sobre el jefe Peter Laird (Vincent Gale) y ella le comenta que no es un militar sino que era un ingeniero aeronáutico civil en una nave pero que llego a Pegasus según se rumorea porque la nave tenía antes una flota civil pero no se sabe que pasó a bordo para perderla. El coronel Saul Tigh habla con Fisk de ello tomando unas copas y él explica que las naves de esa flota fueron desarmadas despojándolas de sus piezas para uso de Pegasus y sólo el personal valioso fue reclutado en contra de su voluntad ya que si no iban su familia moriría.
Baltar consigue que la Numero 6 de Pegasus le cuente que la nave que protegen los cylons es una nave que les permite revivir y cambiar de cuerpo ya que su lugar de origen queda muy lejano para que puedan hacerlo por lo que han de tener una nave que viaje con ellos que cumpla esa función.
Estrella invitada: Michelle Forbes en el papel de la almirante Helena Cain

12. La nave resurrección (2)
Las estrellas de combate Pegasus y Galactica se enfrentan cara a cara con los cylons en un combate que cambiará para siempre el desarrollo de la guerra. Pero para la teniente Kara "Starbuck" Thrace, la verdadera guerra es con su conciencia, por la petición que ha recibido del comandante Adama de asesinar a la almirante Caín. Cuando Lee se entera de este asunto se enfrenta a su padre porque no cree que sea ni moral ni legal pero Adama está decidido y le intenta explicar que para el bien de toda la flota ella debe morir.
Mientras tanto, en Pegasus, unos soldados asaltan al jefe de Galactica Galen Tyrol y al teniente Karl Agathon, como venganza por el asesinato de uno de sus oficiales. Sólo una intervención oportuna del XO de Pegasus, el coronel Jack Fisk (Graham Beckel), para la paliza .
La nave resurrección es finalmente destruida pero Lee casi muere en ese ataque al quedar destruida su nave. Las número 6 que se encuentra con Baltar está feliz con la posibilidad de morir. Mientras tanto Adama como Cain no toman finalmente la decisión de ordenar la muerte de su opuesto pero la número 6 se libera y asesina a la almirante Helena Cain y el coronel Jack Fisk ocupará su puesto.
Estrella invitada: Michelle Forbes en el papel de la almirante Helena Cain

13. Epifanías
Ya con anterioridad en Caprica la presidenta Roslin había recibido la noticia de que padecía un tumor maligno en su mama izquierda inoperable pero es en la actualidad cuando la enfermedad se encuentra en la enfermería de Galáctica al borde de la muerte acompañada de Billy Keikeya (Paul Campbell), su ayudante, y el médico. Adama acude a verla y ella con la ayuda del doctor Cottle (Donnelly Rhodes) le cuenta que el feto que lleva dentro Sharon presenta anomalías genéticas extrañas mientras Gaius Baltar trata de sacarle importancia al tema. Por la seguridad de la flota la presidenta quiere que interrumpan el embarazo de la cylon y aunque Baltar quiere apoyarse en que la presidenta ya no rige pero Adama cree que está totalmente lúcida y él debe comportarse con criterio como futuro presidente. Adama se lo comunica al padre del niño, Helo, que también se siente ultrajado por esta decisión pero su comandante espera que lo acepte.
Por un problema en las naves tanto Kara como el jefe Tyrol observan como la munición de las mismas está siendo trampeada y provoca muchos problemas a los pilotos debido al sabotaje. Cuando intentan encontrar al responsable de recargar las armas se encuentran con que la peón de cubierta Asha Janik pertenece a un grupo de resistencia que defiende que los cylons no son los enemigos sino que el enemigo son los militares.
Un hombre que dice ser el portavoz de los subversivos contacta con Galáctica y exige una reunión en la nave a lo que Adama accede para conocer de primera mano a lo que se enfrenta. Royan Jahee (Paul Perri) se presenta en la nave asegurando que desea la paz y que los cylons únicamente te defienden tras haberlos esclavizado durante años. Adama decide detenerlo. Mientras Lee y Kara analizando las cosas encontradas en el camarote de Asha Janik (Holly Dignard) observan que posee un lector portátil que señala un lugar concreto Daru Mozu, una refinería, que puede ser su próximo objetivo. Al acudir a la nave refinería esta explota antes de que ellos puedan hacer nada.
Estrella invitada: Colm Feore en el papel de Presidente Adar

14. Mercado negro
La presidenta en una reunión con el coronel Jack Fisk (Graham Beckel), nuevo comandante de Pegasus, el almirante William Adama y el doctor Gaius Baltar, les informa de la escasez de artículos esenciales y de lo caros que resultan si se encuentran.
Lee tiene relaciones con Shevon (Claudette Mink), una prostituta con quien él ha desarrollado una relación íntima, que tiene una hija Paya (Hayley Guiel) a la que el quiere mucho a pesar de que no se le dan bien los niños.
Cuando el oficial al mando del Pegaso, Jack Fisk, es encontrado brutalmente asesinado en sus aposentos privados por lo que Adama decide hacer una investigación y envía al teniente Lee Adama como investigador principal. Lee descubre que Fisk dirigía una operación de crimen organizado que en apariencia implica a otras autoridades prominentes tanto militares como civiles. Los sospechosos incluyen a Tom Zarek (Richard Hatch) representante en del quórum, la mujer del coronel Tigh y el vicepresidente Gaius Baltar, que se enfade mucho por la sugerencia de la presidenta Laura Roslin de que él dimita, para el bien de la flota.
Mientras Lee recibe una llamada desesperada de Shevon ya que unos hombres han tratado de acosarla por su relación con él, pero cuando lee acude a verla es atacado por miembros del mercado negro y el que parece ser su jefe le amenaza con matar a la chica y a su hija si no deja en la investigación y le advierte a su padre que lo olvide todo. Cuando vuelve en sí ellas no están pero Zarek aparece allí mismo y Lee por el diario de Fisk sabe que este hizo tres viajes en los últimos tiempos al Reina Astral, la nave que representa Tom Zarek (Richard Hatch). Aunque Zarek asegura que rechazó las ofertas de Fisk de unirse a él y que por eso intentaron reunir a la nave por el hambre cosa que él no denunciaba pero ha escuchado rumores de un carguero llamado Prometeo que dicen que es imposible de localizar pero que es la clave de todo; allí un hombre llamado Phelan (Bill Duke) gestiona los tratos.
Estrella invitada: Richard Hatch en el papel de Tom Zarek y Bill Duke en el papel de Phelan

15. Scar
Louanne 'Kat' Katraine (Luciana Carro) y Kara "Starbuck" Thrace (Katee Sackhoff) atemorizan a los novatos con historias sobre Scar, el cylon más peligroso de todos y el que ha matado a más pilotos que intentaban hacerle frente. Pero ambas mujeres tienen un carácter demasiado fuerte y llegan a apostar sobre quien acabará con Scar primero aunque se esconde perfectamente entre asteroides y lanza ataques relámpago contra las inexpertas tropas a las que mata..
La nave minera colonial Majahual ha estado trabajando contrarreloj durante un mes extrayendo metales esenciales de un asteroide. La flota ha seguido adelante, dejando a Galáctica detrás para proteger a los mineros de incursiones de cylons mientras es Pegasus quien se encarga de proteger la flota. Tras romper una barrena han de prolongar su estancia 8 días más ya que han encontrado un filón de mineral muy útil para construir nuevas naves.
Pero cuando Scar atrapa tanto a Starbuck como a Kat en una emboscada, Kara debe tragarse su orgullo y apoyar a su joven rival en una reyerta.

16. Sacrificio
La paranoia se extiende por toda la flota cuando se filtra que la cylon Sharon sigue viva en secreto y entra y sale de un calabozo de Galáctica. Sesha Abinell (Dana Delany), una civil que ha tenido que ver como su marido moría hace unas semanas por un ataque de los cylons, no puede soportar la idea de que un agente cylon este vivo en la flota aunque sirva a los intereses de la inteligencia militar de Galáctica. Está convencida de que Sharon manipula al almirante Adama y conduce a la flota a su destrucción.
Billy Keikeya (Paul Campbell) cree que han de decir la verdad y asegurar que la cylon es la única fuente de información que tienen actualmente y no se pueden permitir el lujo de perderla pero la presidenta no está segura de lo que hacer. Billy le pide a Anastasia Dualla (Kandyse McClure) que se case con él pero ella se niega y su relación con Lee tiene mucho que ver en ello. Ambos se reúnen en el bar del Nube nueve donde ya se encuentra Ellen Tigh (Kate Vernon) y Billy, pero Lee observa a una mujer extraña con una pistola oculta. Se trata de Sesha Abinell que junto con tres simpatizantes los toma como rehenes a menos que le entreguen a la cylon Sharon Valerii para ser ejecutada.
Aunque Lee trata de minar las fuerzas de Sesha y sus secuaces provocando diversos problemas pronto lo descubrirán y Sesha le aclara al almirante Adama que si no le entrega a la cylon matará a su hijo.
Kara Thrace, que se encontraba en la nave de permiso, intenta rescatar a los rehenes, pero la cosa no sale bien y Lee es herido de gravedad. El Almirante Adama lleva a cabo un plan desesperado que puede tener consecuencias desastrosas ya que vida inocente humana es sacrificada sobre el altar de la venganza de Sesha.
Estrella invitada: Dana Delany en el papel de Sesha Abinell

17. La mano del capitán
Adama tras haber tomada la decisión de poner al ingeniero Barry Garner (John Heard), ascendido ahora a comandante, al mando de Pegasus se prepara para nuevos problemas.
En la nave Pegasus un ejercicio de entrenamiento con raptors con ciertos problemas de comunicaciones por las interferencias y con Starbuck al mando. Dos de las naves pierden la comunicación sin que sepan con certeza si han dado la señal de emergencia.
En Galáctica, apodada ahora la ballena en contraposición con Pegasus al que apodan la bestia, Lee, ahora comandante, ya tiene el alta médica y ahora, tras pasar un mes, mantiene una relación con Anastasia Dualla. Su padre le ha enviado un mes a Pegasus para intentar que Starbuck no vuelva loco a todo el mundo.
Por el desplazamiento de una de las cajas en Galáctica descargando un contenedor encuentran algo vivo en su interior. El jefe Tyrol investiga en su interior y localiza a un polizón, una chica embarazada de 17 años llamada Rya Kibby (Amber Rothwell) que pregunta por el doctor Cottle (Donnelly Rhodes).
Con la llegada de Lee a Pegasus, Kara no se siente apoyada tras la desaparición de 4 pilotos de las pantallas de dradis. Al hablar con los pilotos Kara se entera que nadie le ha comunicado nada porque tienen prohibido hablar de problemas con miembros ajenos a la tripulación de la nave por orden de Barry Garner que se queja de ella a Lee.
Con unas elecciones a las puertas la presidenta ha de tratar de seguir con su trabajo junto a Tory (Rekha Sharma), su nueva ayudante. Su contrincante más serio es Tom Zarek, terrorista condenado, ya que ella cuenta con el apoyo de la flota militar y civil así como con el apoyo religioso. Pero Zarek tiene claro que no puede ganar desde que Laura Roslin ascendió de política a profeta, pero cree que Gaius Baltar si podría por lo que está dispuesto a apoyarlo.
Cuando Adama acude a ver el estado de Rya Kibby , el doctor Cottle le explica que la chica está embarazada de cuatro meses pero que los gemenianos se oponen a que las mujeres interrumpan sus embarazos. La chica no preguntaba por casualidad por el doctor ya que no es la primera vez que hace este tipo de cosas. Ella le explica a Adama que si vuelve con sus padres puede ocurrirle cualquier cosa pero Adama tiene un grave problema ya que Rya es un polizón a bordo de una nave militar, pero el doctor cree que podría pedir asilo como victima de persecución política. Aunque la representante de Gemenon Sarah Porter (Patricia Idlette) el aborto es una aberración, para la presidenta no lo es tanto ya que si antes de los ataques cylon el aborto era legal, ahora deber seguir siéndolo. La facción contra el aborto Gemenon de la flota amenaza con retirar su apoyo a la presidenta Laura Roslin a no ser que ella condene la práctica de aborto.
Estrella invitada: Richard Hatch en el papel de Tom Zarek

18. Trasvase
En Caprica, la reencarnación de la número seis renace en medio de sus compañeros que la observan y apodan “Caprica seis”; ella y Sharon Valerii son aclamadas como "héroes de los cylon" por los papeles claves que tuvieron en el intento de destrucción de la raza humana. Pero a la número seis le atormenta la imagen de Baltar así como a él la suya mientras que a la Sharon le ocurre algo similar pero no lo lleva también por lo que están pensando en poner en almacenamiento sus recuerdos si la “Caprica seis” no logra que lo supere.
En el momento actual en la Galáctica Sharon se desmaya y empieza a sangrar por lo que parece que está a punto de tener al bebé ya que tiene un desprendimiento de placenta. La niña nace perfectamente pero el doctor tiene que cortar la hemorragia de la madre o morirá en el quirófano.Pero la situación es tan complicada que Adama, Baltar y la presidenta tratan de deliberar que van hacer con la nueva vida que ha nacido y si esta es un símbolo de esperanza ... o un presagio de extinción humana.
La presidenta entonces decide que el bebé no sea criado por la cylon Sharon ni que sea encontrada por agentes cylon por lo que pide al doctor doctor Cottle (Donnelly Rhodes) que decida él entre una lista de candidatos a los adecuados para criar al bebé. A los verdaderos padres se les comunica que su hija ha muerto pero la cylon Sharon no lo acepta y casi mata al doctor.
En otra parte en Caprica, la resistencia humana, bajo el mando del amante de Kara Thrace, Samuel Anders (Michael Trucco), se dispone a asestar un gran golpe, aunque no lo van a tener fácil. Consiguen el objetivo pero Anders cae en manos de los cylons.
Estrella invitada: Lucy Lawless en el papel de D'Anna

19. Libérate de tus problemas (1)
El jefe Tyrol sufre horribles pesadillas que no le permiten dormir en paz. Mientras en habitaciones separadas en Galáctica tanto la presidenta saliente como Baltar se preparan para la inminente confrontación en el primer debate presidencial que será televisado a toda la flota. Mientras Laura trata de memorizar su discurso Baltar sólo puede pensar en que va perder ese combate. Cally encuentra al jefe dormido en el momento justo del debate presidencial y trata de despertarlo pero él empieza a golpearla en un ataque brutal y furioso hasta que logra recuperar el control y horrorizado con lo que ha ocurrido pide ayuda médica.
A bordo de Pegasus, la capitán Kara Thrace prepara a las tropas para una misión peligrosa, únicamente de voluntarios para ir a Caprica, con la misión de rescatar a los humanos que allí resiste en la superficie del planeta. Usando la información obtenida de la cylon Sharon, ellos han unido los sistemas de la navegación de sus naves para aumentar las capacidades de navegación con sistemas de navegación de ordenadores cylon. Es la primera vez que se intenta una misión de este tipo pero es muy peligrosa y Sharon tiene miedo ya que está segura de que aunque no tiene que ver con la misión se aproxima un periodo sombrío.
Tyrol solicita orientación religiosa tras lo ocurrido con Cally y el hermano Cavil (Dean Stockwell) acude a su lado consiguiendo que le hable de sus horribles pesadillas que le han molestado las últimas semanas. Finalmente, cavil ayuda a Tyrol a enfrentarse a lo que realmente lo molesta: en algún sitio escondido en lo más profundo de su ser, Tyrol tiene miedo de que pueda ser, como Sharon, un cylon.
Después del primer debate, el Presidente Roslin disfruta de un avance significativo sobre Baltar en los sondeos. Entonces, como si en respuesta a la súplica sarcástica de Baltar de un milagro, uno de las naves de la misión de rescate de Caprica vuelve pronto con noticias aturdidoras: a causa de un salto mal calculado, han descubierto por casualidad un planeta habitable, en una región de espacio que los ocultará de los sensores de los cylons. Siguiendo el consejo de Tom Zarek, Baltar usa el descubrimiento del planeta como un arma política. Él ahonda en el deseo de la población de la flota de una nueva casa, una lugar protegido y seguro, un final a la carrera constante a la que están sometidos. La opinión popular se balancea bruscamente contra Roslin, que no está preparada para dejar de buscar la Tierra.
Años luz lejos de allí, en Caprica, la misión colonial de rescate consigue localizar a Sam Anders y a los militantes de la resistencia que han logrado sobrevivir. Pero momentos después de que Kara lograse reunirse con Sam caen en una trampa cylon.
Estrella invitada: Richard Hatch en el papel de Tom Zarek, Dean Stockwell en el papel de Hermano Cavil y Michael Trucco en el papel de Sam Anders

20. Libérate de tus problemas (2)
La presidenta Laura baja otros dos puntos en las encuestas a pesar de que tratan sobre política social que es el tema más débil de Baltar así como su programa de política de seguridad.
Todo el equipo que acompaña a Kara y a Sam Anders están siendo atacados por los cylons en la superficie de Caprica pero intenta replegarse colina arriba ya que están siendo acorralados pero cuando peor estaban los disparos cesan. Tras 18 horas si un solo disparo se organiza un grupo de reconocimiento tratando de ver lo que pasa pero antes de salir aparece una copia del hermano Cavil (Dean Stockwell), mientras otro reza con la presidenta Laura en Galáctica.
El coronel Tigh, que discute con su mujer Helen que quiere ir al planeta como el resto de la flota, recibe una llamada para avisarle del regreso de Kara con los sobrevivientes de los bucaneros de Caprica. Por lo que ella explica y el hermano Cavil relata los cylons han abandonado las colonias en busca de nuevos horizontes, pero el jefe Tyrol descubre que se trata de un cylon y que otra copia anda por Galáctica. El cylon dice tener un mensaje asegurando que los cylons han decidido que la ocupación de las colonias fue un error y que una número 6 y una número 8 han puesto a la opinión pública de su parte. Dice que desde ahora existe un indulto y que cada especie irá por su lado.
Al mismo tiempo, la votación sigue en la elección presidencial. La presidenta Roslin se acerca a Baltar y le propone que, quienquiera que gane, la colonización del planeta recién descubierto debería ser aplazada hasta que se haga un estudio. Baltar desprecia su oferta y aunque Laura lo enfrenta a su número 6 no consigue alterarlo.
Estrella invitada: Richard Hatch en el papel de Tom Zarek, Dean Stockwell en el papel de Hermano Cavil y Michael Trucco en el papel de Sam Anders