Temporada 3

1. De la una a las dos de la tarde
La muerte de un joven a causa de un neumovirus altamente contagioso pone en alerta al Centro Nacional de Salud y a la UAT. Su propagación puede acabar con la vida de un millón de personas en una semana. Por eso, Jack Bauer y su nuevo hombre de confianza y novio de su hija Kim -que actualmente también trabaja en la UAT-, Chase Edmunds, se ponen manos a la obra. Ambos comprueban que detrás de esta terrible amenaza se encuentra Ramón Salazar, un narcotraficante mejicano que Bauer encarceló tras vivir seis meses infiltrado en su organización.
Ahora, Héctor, el hermano de Ramón Salazar, amenaza con liberar el virus si su hermano no es puesto en libertad en las próximas horas. En esta ocasión, Jack Bauer tiene un importante handicap: es heroinómano. El Presidente Palmer, que prepara un debate electoral para su reelección, es informado de la situación a través de su hermano y colaborador, Wayne Palmer.

2. De las dos a las tres de la tarde
El Servicio Nacional de Salud informa a la UAT de que el virus puede transportarse en forma cristalizada y adoptar un aspecto muy similar al que la cocaína. Poco después, Jack y Chase acuden a la casa donde vivía el "camello" muerto por el virus y allí descubren que un joven llamado Kyle Singer hará una entrega esa misma tarde. Jack sale en busca de Kyle y no deja que Chase vaya con él, ya que parece que trata de protegerle desde que Kim le ha confesado que salen juntos.
Por otro lado, Wayne Palmer informa a su hermano David de que tiene el guión que su oponente en las Elecciones piensa utilizar en el debate de esa noche.
Aunque, en principio, el presidente se niega a leerlo, lo hace cuando Wayne le asegura que hay algo sobre Anne, su nueva pareja sentimental.
En Méjico, Héctor Salazar recibe una llamada desde la UAT. Se trata de Gael, un trabajador de la unidad que le informa de que buscan al chico que debe hacer la entrega.

3. De las tres a las cuatro de la tarde
Mientras Jack Bauer se dirige a la casa de Kyle Singer, el "correo" que transporta la droga infectada, el virus es liberado al romperse la bolsa que lo contiene. Kyle huye de su casa, y al llegar Jack Bauer con los equipos médicos, no descubre restos del virus en la droga. Lo más seguro es que el virus esté siendo transportado en el propio cuerpo de Kyle. La UAT centra su búsqueda en la localización del muchacho antes de que exponga el virus que lleva a la población.
Por su parte el presidente David Palmer, que se enfrenta a la reelección, se debate entre aceptar o no un chantaje al que es sometido. El ex-marido de la actual novia del presidente amenaza con sacar a la luz información que demostraría que la pareja del presidente mintió en un juicio pasado, y el hermano y nuevo asesor del presidente (Wayne Palmer) le convence para silenciarle con dinero.
Desde la UAT se localiza a Kyle en un centro comercial. Tony Almeyda es el primero en llegar y cuando se dispone a detener a Kyle es disparado en el cuello por uno de los hombres de Salazar que vigila el virus con la ayuda del infiltrado Gael. Para mayor desgracia, Kyle huye, con las esperanzas de la UAT de tener la amenaza controlada.

4. De las cuatro a las cinco de la tarde
Tras escapar con Kyle Singer la única oportunidad de controlar el virus, Jack Bauer llama al presidente Palmer. A la vista de que el presidente no negocia con terroristas, le propone una solución desesperada. El propio Bauer liberará a Salazar y lo entregará a su hermano, evitando que el virus sea liberado a la población sin comprometer la política del presidente en materia terrorista. El presidente acepta recordando a Jack que está será su última misión, ya que no podrá protegerle esta vez y se convertirá en un fugitivo el resto de su vida.
Tras hablar con su novia, David Palmer decide no aceptar el chantaje al que está siendo sometido, y confía en la palabra de su pareja para superar la situación sin que afecte a su reelección, lo que disgusta a su hermano Wayne.
Ya en la cárcel, y oculto de las cámaras, Jack reduce a su compañero Chase (novio de Kim Bauer) y saca de la celda a Ramón Salazar. Su plan es descubierto antes del salir del recinto, de modo que para cubrir su huida, provoca un motín en la prisión abriendo todas las puertas de las celdas.

5. De las cinco a las seis de la tarde
El motín que provoca Jack Bauer sacar de la cárcel a Ramon Salazar se descontrola, y acaban como rehenes de los presos. Kyle Singer, retenido por los hombres de Salazar, es encontrado por la UAT, pero esta información no llega a tiempo a Jack Bauer que huye con Salazar sin saber que la amenaza del virus está controlada.
En la UAT la ayudante de Bauer descubre la adicción a las drogas de Jack, hecho que comunica a su hija Kim.
El presidente Palmer comienza con el debate contra su rival el Senador Keeler, que saca a la luz el posible engaño de la novia del presidente.

6. De las seis a las siete de la tarde
Tras la huida de Jack con Ramon Salazar la obsesión de la UAT es comunicar a Jack que el portador del virus ha sido localizado y capturado. Si no es posible tal comunicación el helicóptero será derribado. Ryan Chapelle (jefe de la división) se hace cargo de la UAT mientras Tony sigue hospitalizado, y reclama al presidente Palmer para confirmar la acción de derribar el helicóptero en el que escapa. Esto provoca que Palmer abandone el debate de repente, ante el asombro de los asistentes, alegando una emergencia nacional.
Definitivamente la orden de disparar se recibe tan tarde, que el helicóptero logra llegar a la ciudad abortando la posibilidad de disparo.
Una vez en tierra se dirigen al aeropuerto donde les espera un avión, con la ayuda de Gael que infiltrado en la UAT impide que éstos se enteren de cómo planean sacar del país a Salazar.
Para terminar el episodio, y con las uñas de más de un espectador, los acontecimientos se aceleran. Ramón Salazar llega a salvo al avión con intención de matar a Jack, Gael descubre a Kim cuando le identifica como traidor, y en el hospital donde retienen a Kyle Singer descubren que éste no tiene rastro del virus. La razón: Nunca estuvo infectado.

7. De las siete a las ocho de la tarde
Gael encierra a Kim en la sala de archivos al verse descubierto. Mientras, Chapelle reúne a su equipo y les anuncia que el objetivo, una vez que se sabe que Kyle no porta el virus, es encontrar a Salazar. Adam descubre a Kim y pronto, Gael es detenido. La chica les dice a sus compañeros que ha descubierto que Gael está compinchado con los Salazar y Chapelle decide someterle a una dura tortura para obtener información.
Chase, que ha hecho oídos sordos a la orden de Chapelle de regresar a la UAT, contacta con Simmons, un antiguo contable de los Salazar, que averigua el lugar dónde actualmente se encuentra Héctor. Chase le pide a Simmons su avión para acercarse al rancho de los Salazar pero antes de salir llama a Kim para contarle sus planes. Tony, todavía convaleciente, regresa a la UAT al saber por Michelle que Gael ha sido descubierto. Una vez allí, confiesa a todos que Gael, Jack y él tenían un plan para volver a contactar con Salazar y ganarse su confianza.
Anne recibe una llamada de su ex marido y éste le pide que se reúnan para entregarle unas cartas que prueban su inocencia.
El avión con Jack y Ramón Salazar llega a Las Nieves. Héctor recibe a Bauer con un abrazo.

8. De las ocho a las nueve de la tarde
Tony llama a Palmer para mostrarle un vídeo en el que Jack explica que la amenaza del virus era una mentira ideada para poder hacerse con un virus real que está en manos de unos ucranianos y que esperan vender en EEUU. El plan es convencer a los Salazar de que compren el virus para poder venderlo luego a algún grupo terrorista y sacar mucho dinero. Previamente, Jack se habrá ganado otra vez la confianza de Héctor Salazar liberando a sus hermano Ramón de la cárcel. Si los Salazar compran, Jack se podrá hacer con el virus. A Palmer no le gusta que no se haya contado con él y Ramón Salazar sigue sin confiar en Bauer.
Kim informa a Tony de que Chase va a ir a Las Nieves para rescatar a Jack ignorando cuál es su verdadera misión. El joven llega allí y es capturado por los hombres de Salazar. Al verle, Ramón sospecha todavía más de las verdaderas intenciones de Jack pero éste le convence de que está de su parte al estar dispuesto a acabar con la vida del joven. Las cosas se complican cuando a Jack se le rompe el localizador y se queda sin contacto con la UAT.
Mientras, Anne va a ver a su ex marido, quien le da las cartas que la exculpan de todo y se suicida en su presencia. La doctora se las entrega al presidente justo antes de decirle que quiere terminar con su relación.

9. De las nueve a las diez de la noche
Artista invitado:Jesse Borrego ('Fama')
Los hombres de Salazar empiezan a torturar a Chase para sacarle información. Poco después, entrará una nueva aspirante a hacerse con el virus, y que terminará haciéndose con él: Nina Myers, la mujer que mató a la esposa de Jack.
Chapelle monta en cólera por no pocer localizar a Jack, y Tony hace lo posible para arreglar la situación, aunque no confían en él porque está convaleciente de la herida. Palmer sigue con problemas.

10. De las diez a las once de la noche
Jack se va a encontrar de nuevo, cara a cara, con Nina Myers, mientras que la situación de Chase, torturado por el clan Salazar, es cada vez más complicada. Palmer, cada vez más presionado, decide contar con su ex mujer, Sherry, para que le eche una mano.

11. De las once a las doce de la noche
La situación se complica cada vez más, con Jack, Nina y los Salazar en máxima tensión, al igual que Palmer, que le explica a Sherry qué quiere de ella para afrontar la situación.

12. De las doce de la noche a la una de la mañana
La UAT está lista para intervenir y hacerse con el virus, mientras que Nina sigue insistiéndole a Ramón con que Jack es de la UAT, pero no se lo cree. Sherry sigue su plan para ayudar a su marido, mientras que, en la UAT, Alan le dice a Kim que es imposible que el bebé sea de Cloe.
Todo se prepara para la entrega de virus, en México...

13. De la una a las dos de la madrugada
Amador es la clave, ya que continúa con el virus en su poder. La tarea de localizarle se va a complicar aún más cuando un virus informártico entre en la red de la UAT e impida la conexión entre agencias.
Por su parte, tanto Palmer como Cloe, cada uno por causas diferentes, tendrán que enfrentarse a situaciones comprometedoras.

14. De las dos a las tres de la madrugada
Palmer reúne a todos los dispositivos de emergencia, ya que Amador está en Los Ángeles con suficiente virus para afectar a toda la ciudad. Poco después, el presidente tendrá que mentir para asegurar su posición.
En la UAT, Nina huirá dejando varios muertos a sus espaldas...

15. De las tres a las cuatro de la madrugada
Artista invitado:Doug Savant ('Melrose Place')
Chapelle quiere apartar a Jack del caso por haber matado a un testigo fundamental, mientras que en la UAT estrechan el cerco a Alvers. Sherry sigue con probemas por su intento de ayuda a su ex marido, el presidente Palmer.

16. De las cuatro a las cinco de la madrugada
Jack y Chase, de nuevo juntos, piensan que Amador les llevará, por fin, al hombre que tiene el virus en su poder. Palmer vuelve a llevarse una decepción con Sherry...

17. De las cinco a las seis de la madrugada
Saunders obliga a Palmer a mantener una rueda de prensa y luego ordena la muerte de un agente que puede localizarle. Jack sigue a una mujer que le lleva hasta Saunders, pero se encontrará con alguna sorpresa por el camino. Por otro lado, así como los síntomas de Gael empeoran, Michelle descubre la forma de paliar el sufrimiento de las víctimas del hotel.

18. De las seis a las siete de la mañana
Jack y Chase corren a contrarreloj para capturar a Saunders antes de que muera, mientras Chappelle planea escapar. Por otro lado, Michelle investiga desesperadamente y se da cuenta de que un cliente infectado del hotel puede que haya dormido sobre sus manos.

19. De las siete a las ocho de la mañana
Jack trabaja con Kim sobre un trabajo secreto que puede ayudarles a localizar a Saunders. Palmer informa a su gabinete de la crisis, mientras Saunders hace otra demanda. La persecución detecta al hombre que abandonó el hotel y se da cuenta que el virus se extiende entre la gente.

20. De las ocho a las nueve de la mañana
Jack intenta utilizar a la hija de Saunders como palanca para ganar ventaja y controlar el virus. Michelle consigue los resultados de su prueba, mientras Adán ve que el virus se está expandiendo cerca de su casa. Tony se encuentra comprometido cuando Saunders explota su única debilidad.

21. De las nueve a las diez de la mañana
Tony trabaja para liberar a Jane antes de que Saunders pueda dañar a Michelle, pero Chloe y Jack se vuelven sospechosos por sus actividades. Sherry encuentra al rival político de Palmer y le chantajea con un trato.

22. De las diez a las once de la mañana
Jack tiene un conflicto con Tony, ya que el tiempo para cambiar de rehén se acerca. Keeler encuentra a Palmer y le exige su dimisión, mientras Wayne empieza una operación secreta contra Sherry.

23. De las diez a las once de la mañana
Jack abre el sobre para forzar a Saunders a revelar el lugar de los frascos que faltan. Sherry queda con David para hablar de sus condiciones, mientras Wayne irrumpe en su para encontrar pruebas incriminatorias. Tony se enfrenta a una dura pena por sus esfuerzos por salvar a Michelle.

24. De las once a las doce de la mañana
Se acerca el final: Jack y Chase deben hacer un sacrificio muy Tony es capaz de ayudar a Jack justo antes de que él sea detenido, mientras una víctima enfadada trata de vengarse de Saunders. Palmer sorprende en su elección de carrera tras la muerte de Sherry