Dispositivos de alarma con códigos de colores. Fortalecimiento de la seguridad en los aeropuertos. Alertas de emergencia. Reacciones ante el miedo a otro ataque terrorista. Pero los expertos saben que el arma más efectiva en la lucha contra las operaciones terroristas, es también la más difícil y peligrosa: infiltrar a alguien en el interior de una célula terrorista.
Sleeper Cell traslada a los espectadores bajo el velo de una organización terrorista para ser testigos de los peligrosos retos que debe afrontar un agente decidido a aprender todos los secretos de este grupo de criminales. Sleeper Cell refleja sucesos actuales y pertinentes decisiones políticas desarrolladas en sus tramas, mientras explora la vida personal y profesional de los agentes encargados de combatir la más grandes y peligrosa amenaza en la historia de los Estados Unidos.
Tras haber pasado un tiempo como prisionero en una penitenciaría federal, un joven agente del FBI, afroamericano y musulmán, Darwyn (Michael Ealy, La barbería), comienza a entablar diversos contactos que le permitan infiltrarse en una celúla de terorrismo islámico que opera oculta en plena ciudad de Los Angeles. Este grupo está liderado por el intimidante y carismático extremista Farik (Oded Fehr, La momia), quien considera que todos los actos de violencia sirven al bien supremo de su causa. Pero pronto, algo en esta investigación sale mal, poniendo las vidas de los agentes, y la integridad de una misión de tres años, en serio peligro.