El Consejo de Seguridad Nacional (NSC) decide hacerse con el control de la Fuerza de Operación Conjunta y captura a Sydney Bristow (Jennifer Garner) por el asesinato del diplomático ruso Lazarey. Para ello, el NSC releva del mando a Dixon (Carl Lumbly). Ante este suceso, Jack (Victor Garber) y Vaughn (Michael Vartan) no tienen más remedio que aliarse con Sloan (Ron Rifkin) y tramar un rescate. Mientras tanto, las cosas para Sydney cada vez son más complicadas. La joven agente está sufriendo duras pruebas en la prisión y pretenden someterla a una arriesgada operación para que recupere la memoria.