Sydney (Jennifer Garner) siente que debe contarle a la CIA que ha descubierto que ella es la asesina de Lazarev. Su padre Jack (Victor Garber) consigue disuadirla, ya que si confesara la verdad se tendría que exponer a pruebas médicas muy peligrosas.
Paralelamente, la propia Sydney debe infiltrarse en una organización de ladrones profesionales contratados para hacerse con una peligrosa variante del virus ébola. La misión conduce a Sydney a España, donde debe robar una cepa del virus de unos laboratorios de Zaragoza