Sydney Bristow (Jennifer Garner) se alía una vez más al agente Michael Vaugh (Michael Vartan) para impedir que Julian Sark (David Anders) destruya el satélite nacional de comunicaciones. La joven espía, que viajará con Eric Weiss (Greg Grunberg) a Méjico para interceptar a Sark, descubre durante las investigaciones que Julian ha conseguido las fotos de una secreta instalación, sede de una compañía científica rusa cuyo presidente es amigo del malvado Arvin Sloane (Ron Rifkin).
Por otro lado, el Consejo de Seguridad Nacional (NSC) quiere hallar a la asesina de Lazarev, puesto que eso le dará más pistas sobre la Coalición. Sin embargo, sólo Sydney y su padre Jack (Victor Garber) conocen la identidad de la asesina: Sydney Bristow. No obstante, Jack está dispuesto a hacer cualquier cosa para que no la identifiquen y no se descubra la verdad.