Sydney Bristow (Jennifer Garner) se sentirá una vez más traicionada por los que considera sus amigos. Y es que, tras arrestar a Will Tippin (Bradley Cooper) acusado de espionaje, la joven agente comenzará a cuestionarse la identidad de Will. Francie (Merrin Dungey), que ya había informado a su contacto Sark (David Anders) de que Will era sospechoso para la CIA, decide reforzar su tapadera. Para ello, usa un láser para modificar la retina de Will de forma que parezca que se trata del segundo doble del proyecto Hélice. El peso de la CIA cae sobre un Will desconcertado. Tras ser detenido por la CIA, Sark ordena que sea eliminado.