El cursor de un viejo ordenador está a la espera de un comando mientras emite una señal sonora. Un hombre misterioso sale de la cama y escribe en el teclado antes de pulsar el botón ejecutar. Posteriormente toma un sano desayuno, pone su música favorita y hace un poco de ejercicio antes de inyectarse una sustancia. Pero alguien perturba su paz y el desconocido corre hacia otro cuarto, abre la combinación de su cerradura y allí hace acopio de algunas de las muchas armas que hay mientras vigila el acceso a su vivienda gracias a un periscopio y al uso de distintos espejos distribuidos por un largo túnel. Mientras el vigila la entrada Jack y Locke miran desde la entrada de la escotilla, porque el hombre misterioso está dentro de ella. La segunda temporada comienza allí donde terminó la primera, los supervivientes han dejado a Jack, Locke y algunos otros dirigiéndose a la trampilla para descubrir qué hay allí.
Después de abrir la escotilla, que tiene grabada en ella los números que Hurley considera malditos, Jack se da cuenta que no podrán bajarlos a tiempo a todos por lo que decide abandonar la idea, pero Locke está impaciente por investigarla construyendo un arnés con el cable del fuselaje y él y Kate lo intentan a pesar de todo.
Pero, tal y como han podido comprobar en los más de cuarenta días que llevan en la isla, el peligro y los misterios acechan tras todas las esquinas, y aquellos en quienes se podía confiar, se vuelven contra ellos. Incluso los héroes más admirados esconden secretos. Finalmente, Jin, Michael y Sawyer sobreviven al ataque a su embarcación por parte de “los otros” mientras que Walt continúa perdido en la mar.
Flashback de Jack
Sarah (Julie Bowen) llega a urgencias del hospital St. Sebastian tras pinchar un neumático de su coche mientras un hombre llamado Adam Rutherford que ha sido embestido por ella llega también en estado grave. Jack ha de decidir cual de los dos trata ya que ambos se encuentran en estado crítico. Pero mientras logra estabilizar a Sarah, una mujer a punto de casarse que por el accidente posiblemente quede parapléjica, Rutherford muere. Sarah enseñará a Jack la importancia de darle a la gente alguna esperanza aún en la adversidad, como le ha explicado su padre Christian Shephard (John Terry), y también le mostrará que los milagros existen.